Desde el surgimiento de este en 1947 el Atlético ha participado en cada copa del futbol colombiano; para la década de 1948 entra como técnico de la escuadra el argentino Fernando Paternóster, bajo el mando de este el Nacional consiguió su primer título en 1954, poco tiempo después el Atlético sufrió una grave crisis que casi lo fuerza a dejar la escena futbolística, sin embargo, logró reponerse y tras dos décadas de lucha y entrega la escuadra verdolaga obtiene la segunda estrella bajo el manejo de César López Fretes, técnico paraguayo, bajo la administración de este el equipo se redefinió e impulsó ante dos de los equipos más fuertes de ese entonces el Millonarios de Bogotá y el Deportivo Cali. Tras la salida de López llega a la dirección el técnico argentino Osvaldo Juan Zubeldía, quien marcó historia en el Atlético y en el futbol colombiano, este fue el primer técnico con el cual el atlético consiguió dos títulos (1976 y 1981); a través del proyecto conocido como “kínder de Zubeldía”, el técnico sacó provecho de los jóvenes jugadores, que posteriormente hacían parte del equipo, entre estos se destaca Francisco Maturana, reconocido técnico quien fue entrenador del equipo entre los años 1987 y 1989. En el trascurso de la administración de Maturana el equipo volvió a la época de los “puros criollos” por medio de la cual se destacaba el talento nacional, su escuadra fue una de las mejores del equipo, esta consiguió la entrada del equipo a la Copa Libertadores de América, tras una excepcional actuación el equipo obtiene por primera vez el título, convirtiéndose enel primer equipo colombiano en lograrlo.

en esta temporada la figura estrella fue Víctor Hugo Aristizábal. Al terminarla administración de Quintabani, vuelve el “Sachi” con el cual consiguieron la onceava estrella. En 2012 aparece como técnico Juan Carlos Osorio, durante su administración el Atlético Nacional obtuvo seis títulos, estos fueron tres ligas consecutivas (2013-I,2013-II y 2014-I), dos Copa Colombia en 2012 y 2013 y por último la Super liga de2012, esto lo convierte en el técnico con mas títulos en la historia del equipo; después de este llegó Reinaldo Rueda, la administración de este empezó en 2015 y terminó en 2017, en el trascurso de esta obtuvieron el título de la Copa Libertadores de 2016, segundo para el equipo. En lo corrido del 2018 el equipo ha cambiado de técnico en tres ocasiones Jorge Almirón(argentino) Hernán Darío Herrera(colombiano) y actualmente es dirigido por Paulo Autuori (brasileño), en esta temporada se encuentra en el puesto 9 de la Categoría A y en el primer puesto del Grupo B de la Copa Libertadores.